為解決國內長期以來欠缺法醫專責機構，法務部先依民國79年全國治安會議決議，以臨時任務編組方式在台灣高等法院檢察署暫設法醫中心，以應燃眉之急，同時並積極研擬「法務部法醫研究所組織條例」草案。
 　　民國82年12月3日該草案經行政院函送立法院審議，歷經三年四個月推動，終於在86年4月8日經立法院三讀通過，並於同年4月23日由 總統公布施行。法務部隨即依法推動法醫研究所籌設工作。於86年5月30日通過「法務部法醫研究所設置方案」，成立籌設小組，於86年6月10日起至87年6月25日止，先後召開十次籌設會議，逐步推動籌設事宜。
　　民國87年7月1日法務部法醫研究所正式成立，自其成立之日起，原屬臨時編組之台灣高等法院檢察署法醫中心一併裁撤，業務亦移由法醫研究所承接，持續掌理法醫鑑驗、人才培訓及法醫科技研究發展事項等業務。 
         法務部為配合行政院規畫之中央政府組織改造，研擬「法務部法醫研究所組織法」草案，於100年6月14日經立法院三讀通過，並於同年6月29日由總統公布施行。本所組織即依該法於101年起修編設置。